banner
Центр новостей
Оснащен самым современным оборудованием

Состав микробного мата и закономерности локализации объясняют вирулентность болезни черной полосы у кораллов.

May 18, 2023

npj Биопленки и микробиомы, том 9, Номер статьи: 15 (2023) Цитировать эту статью

990 Доступов

9 Альтметрика

Подробности о метриках

Болезнь черных полос (BBD) у кораллов характеризуется характерным лентовидным микробным матом, который распространяется по тканям и часто убивает инфицированные колонии. В микробном мате преобладают цианобактерии, но также обычно присутствуют сульфидокисляющие бактерии (SOB), сульфатредуцирующие бактерии (SRB) и другие микробы. Скорость миграции в BBD варьируется в зависимости от различных условий окружающей среды, включая температуру, освещенность и pH. Однако остается неизвестным, отражают ли различия в скорости миграции различия в микробном консорциуме внутри мата BBD. Здесь мы показываем, что микромасштабная структура поверхности, бактериальный состав и пространственное распределение различаются в зависимости от поражений BBD с разными скоростями миграции. Скорость миграции положительно коррелировала с относительным обилием потенциальных СОБ, принадлежащих к Arcobacteraceae, локализованных в среднем слое мата, и отрицательно коррелировала с относительным обилием других потенциальных СОБ, принадлежащих к Rhodobacteraceae. Наше исследование подчеркивает, что микробный состав BBD является важным фактором, определяющим вирулентность.

Цианобактерии часто являются ключевыми организмами, образующими микробные маты в естественной среде. Яркой особенностью цианобактериального мата является его многослойная структура и специфические слои, в которых распределены различные трофические микроорганизмы1. В самых верхних слоях обычно преобладают аэробные цианобактерии, диатомеи и другие оксигенные фототрофы, а в самых нижних слоях преобладают различные анаэробные бактерии. Цианобактериальные маты встречаются в наземной и водной среде, такой как приливно-отливные песчаные отмели, гиперсоленые пруды, горячие источники, приливные зоны и коралловые рифы1,2,3. Вертикальное распределение бактерий может колебаться ежедневно4, а маты могут расширяться горизонтально в радиальных направлениях5.

Болезнь черных полос кораллов (BBD), характеризующаяся темным микробным матом с преобладанием цианобактерий, демонстрирует уникальную форму полос, которые линейно мигрируют через живые ткани коралла (рис. 1). Характерная черная полоса мигрирует по живым тканям коралла, что приводит к лизису и некрозу подлежащей ткани и оставляет после себя голый скелет коралла6. Ширина черной полосы между внешне нормальной тканью коралла и только что обнаженным скелетом может варьироваться от нескольких миллиметров до семи сантиметров7,8. Скорость миграции BBD, зарегистрированная до 2 см/день9, варьируется в зависимости от температуры10,11, освещения10,11, pH12 и различных географических условий13. В пределах одного рифа одновременно наблюдались до пятикратных различий в скорости миграции14.

Представитель BBD на вложении Montipora sp. колония (а). Крупный план интерфейса: черная полоса, состоящая из цианобактериального мата между живой тканью коралла (здоровая область) и обнаженным белым скелетом коралла (голый скелет) (b).

В биомассе полимикробных матов преобладают нитчатые цианобактерии родов Oscillatoria, Roseofilum и Pseudoscillatoria, идентифицированные из Индо-Тихоокеанского, Карибского и Красного морей соответственно15. Эти цианобактерии принадлежат к монофилетической линии и постоянно обнаруживаются в поражениях BBD, что указывает на их ключевую роль в этиологии BBD15. Другими распространенными микробными компонентами поражения BBD являются SOB (например, Beggiatoa spp16. и Rhodobacterales17), SRB (например, Desulfovibrio18 и Desulfobacteraceae19), некоторые разнообразные гетеротрофные бактерии15 и археи20. Цианобактерии располагаются в верхней части микробного мата; В нижней части в дневное время встречаются SOB, SRB и гетеротрофные бактерии; а аэробные бактерии, в том числе SOB, ночью перемещаются по цианобактериальному слою15. Предложен механизм такого специального распределения. Активность цианобактерий в дневное время приводит к динамическому вертикальному микроградиенту кислорода8,21. Ночью внутри мата формируется среда с минимальным содержанием кислорода, а затем SRB размножаются и активируются в бескислородных условиях под матом8. Дефицит кислорода и высокие концентрации сульфидов из SRB губительны для тканей кораллов и поэтому считаются наиболее важными факторами этиологии BBD15,22. В некоторых исследованиях токсины цианобактерий также были вовлечены в некроз тканей кораллов на фронте поражения23. Между тем, члены SOB в BBD пока необъяснимы. Обычные члены SOB (такие как Beggiatoa spp. и/или Rhodobacterales) представляют собой очень незначительный компонент микробных консорциумов BBD, которые были получены из самых разных географических мест17,19,20,24,25,26,27,28. Это предполагает, что активность SOB сама по себе не является основным фактором патогенеза BBD, но ее дефицит может способствовать накоплению сульфида в очагах BBD15. Тем не менее, другие исследования, проведенные в Красном море, показали, что Arcobacter sp. (т.е. другие жизнеспособные члены SOB) были в большом количестве в поражениях BBD28. Кроме того, BBD также продемонстрировали низкое бактериальное разнообразие и схожий характер бактериального состава летом, когда они высокоактивны, по сравнению с неактивным BBD зимой и стадией убывающей BBD осенью29. Предшественник BBD, известный как состояние цианобактериального пятна (CP), также показал низкую скорость миграции и высокое бактериальное разнообразие по сравнению с нормальным состоянием BBD20. Из-за сложности и динамизма микробного консорциума BBD этиология и основные механизмы патогенеза и вирулентности BBD до сих пор остаются невыясненными15, особенно когда речь идет об их связи с бактериальным составом и локализацией. Кроме того, мелкомасштабная локализация микробов в очагах поражения BBD полностью не выяснена, и это могло бы прояснить динамику BBD-полимикробной динамики15.

1% of total relative abundance at total sum scaling (Supplementary Table 2). OTU 6 was assigned to the genus Ruegeria, and exactly matched the sequence of an uncultured alpha proteobacterium 128-64 (AF473938) that was retrieved from BBD in the Caribbean Sea (Supplementary Table 2). OTU 24 was identified as the genus Thalassobius and was 100% similar to both an uncultured bacterium clone BBD-Aug08-3BB-36 (GU472129) and an uncultured bacterium clone Otu0020 (MH341656) in a BBD mat from the Red Sea (Supplementary Table 2). As the viable sulfide-oxidizers or heterotrophic bacteria (see more detail in discussion), Arcobacteraceae were found with 14 OTUs in all BBD samples across the various migration rates, three of which were OTU 8, OTU 9, and OTU11, which ranged between 0.54 - 10.84% in six samples, 0.03 - 10.81% in nine samples, and 0.01 - 5.46% in all samples, respectively, at total sum scaling (Supplementary Table 2). All three OTUs in the Arcobacteraceae were closely related to bacteria (with 98.88 to 100% similarity) that were observed in BBD in the Indo-Pacific Ocean and the Caribbean Sea (Supplementary Table 2). Six of the 14 OTUs (included representative OTU 9) in the Arcobacteraceae were positively correlated with migration rates (Supplementary Fig. 4a). In a phylogenetic placement of OTU short reads, the 14 OTUs were distant from one another across the family Arcobacteraceae in the reference tree, although some OTUs were clustered together. For instance, OTU 8 and OTU 1074 grouped in a cluster (Supplementary Fig. 4b). Three OTUs (OTU 27, OTU 192, and OTU 952) belonged to the genus Malarcobacter, one OTU (OTU 144) belonged to the genus Halarcobacter, and other OTUs were classified in an uncultured group (Supplementary Fig. 4b). Although other families (see more details in Supplementary Table 3 and Supplementary Note 1) showed no significant correlation, such as cyanobacteria belonging to the Desertifilaceae, they tended to increase positively along with the migration rates (Supplementary Table 3)./p> 1% at total sum scaling) were subjected to nucleotide-nucleotide BLAST searches to identify their closest relatives in the GenBank database (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). The closest sequences were chosen by high similarity and linage position in blastn (nucleotide collection nr/nt) and the function "Blast Tree View (Tree method: Fast Minimum Evolution and Max Seq Differences: 0.75)". When results hit multiple sequences, we selected those from sources related to BBD, coral disease, and healthy corals./p>